Chợ Namdaemun bắt đầu hoạt động từ năm 1414, trong suốt thời vua Thái Tông, và triều đình quản lý khu vực chợ này. Vào năm 1608, vua Tuyên Tổ thiết lập văn phòng seonhyecheong (hangul: 선혜청, hanja: 宣惠廳, "tribute bureau") ở trong quận để quản lý việc phân phát gạo, quần áo và tiền bạc. Thị trường buôn bán được hình thành trong thời gian đó và các hoạt động thương mại phát triển mạnh khi các thương gia bắt đầu mở nhiều cửa hàng khác nhau như ngũ cốc, cá, trái cây và các hàng hóa linh tinh.[1]

Việc quản lý chợ rơi vào tay Nhật Bản vào năm 1922, nhưng sau khi giải phóng đất nước vào năm 1945 các thương gia đã thành lập Tổ chức thương gia Namdaemun và nắm quyền quản lý. Tuy nhiên chợ đã biến thành tàn tích trong Chiến tranh Triều Tiên và đã bị cháy vào năm 1953. Seoul Namdaemun Market Co. Ltd. được thành lập vào năm 1954 để tái xây dựng lại chợ, nhưng nỗ lực đã thất bại do vấp phải vấn đề tài chính. Những nỗ lực tái thiết lập vẫn được tiếp tục trong những năm sau đó, nhưng chợ lại bị cháy một lần nữa vào năm 1968 và 1975.[3]

Thành phố Seoul công bố kế hoạch để cải thiện chợ vào năm 2007, và tái xây dựng, cải thiện đến năm 2010.[4][5]